براساس شواهد موجود، بنای اولیه مسجد به سبک منسوب به عربی مشتمل بر شبستانی در جانب قبله و شاید رواقی در اضلاع دیگر صحن بوده است ساخته شده بود و همچنین بر اساس نوشته تذکره شوشتری، شبستان مسجد تیرپوش بوده تا اینکه در دوره صفوی و در سال ۱۰۸۸ ه‍.ق به جهت پوسیدگی تیرهای چوبی، شبستان با طاق‌های آجری بر روی پایه‌های متشکل از قطعات سنگی پوشیده شده‌ است و بر این اساس بنای فعلی مسجد، بیشتر از آثار دوره صفوی و بعد از آن است و از بنای اولیه، غیر از نقشه ساختمانی، بقایای کتیبه بخشی از دیوار جانب قبله و دیوار شرقی بین گلدسته و منار و خود منار که در قرن هشتم هجری به بنای اولیه افزوده شده چیز دیگری باقی نمانده ‌است.

در زمنیه بازسازی و مرمت مسجد جامع شوشتر یک دوستدار میراث ‌فرهنگی معتقد است استمرار مرمت و ساماندهی مسجد جامع شوشتر کاری ضروری است.

ابوالفضل مهدی‌پور با تاکید بر توجه جدی مسئولان ذی‌ربط به مسجد جامع شوشتر گفت: با توجه به این‌که با گذشت زمان مصالح به‌کار رفته در مسجد جامع شوشتر دچار فرسودگی شده‌اند لازم هر سال به صورت مستمر قسمت‌های مختلف این مسجد که بیشتر در معرض خطر قرار دارند مرمت شوند.

وی متذکر شد: یکی از موضوعات جدی و مهم مسجد جامع شوشتر که باید به آن رسیدگی و توجه شود این است که مناره مسجد به علت شکستگی لوله‌های آب شهری ممکن دست دچار تزلزل شود و آسیب ببیند.

 مسجد جامع شوشتر از جمله مساجد کهن ایران در خوزستان است. این مسجد به دلیل این‌که مرکزیت یک شهر حول محور آن می‌چرخد باید به صورت ویژه و مستمر مرمت شود.

مهدی‌پور تصریح کرد: اگر مرمت مسجد به صورت مستمر صورت نگیرد ممکن است آسیبی به بنا وارد شود.