سومین مرحله آبگیری سد گتوند در حالی انجام می‌شود که اخیرا نظام صنفی کشاورزی خوزستان به دلیل شوری آب کارون ناشی از مرحله دوم آبگیری این سد اعلام شکایت کرده است / یکی از مهم‌ترین چالش‌های ایجاد شده پیرامون این سد، وجود گنبدها و رگه‌های نمکی (سازند گچساران) در مخزن سد است که پس از آبگیری سد به زیر آب رفته و منجر به شوری آب مخزن شده است