یکی از اقدامات جنایت‌کارانه سازمان منافقین، نقض حقوق اعضای این تشکیلات است که از سوی سرکردگان آنها صورت گرفته است.

بعد از شکست سنگین منافقین در عملیات مرصاد، رجوی با برگزاری نشست‌هایی تحت عنوان تنگه و توحید سعی کرد تقصیر این ناکامی بزرگ را بر گردن خود اعضا بیاندازد.

منظور از تنگه همان تنگه چهارزبر بود که در آنجا نیروهای سازمان توسط رزمندگان ایرانی تارومار شدند و منظور از توحید نیز همان حربه رجوی بود که سعی داشت عدم موفقیت در این عملیات را برگردن عدم توجه ذهن و فکر نیروها به کسب پیروزی و انجام ماموریت بیاندازد.

وی با این بهانه مسئله انقلاب ایدئولوژیک و طلاق اجباری را مطرح کرد تا به قول خودش نیروها ذهن و فکر خود را از غیر تشکیلات پاک کنند و دلبستگی‌های دنیایی خود را فراموش کنند.

با فروپاشی خانواده، مسعود رجوی به بهانه‌های مختلف کودکان را از پدر و مادرها جدا کرده و به اروپا انتقال داد و در کمپ‌‌هایی جداگانه نگهداری کرد تا این افراد را تبدیل به تروریست‌هایی آموزش دیده کند و مورد استفاده قرار دهد.

در سال 1997 با توجه به آغاز بحران نیرو در سازمان، رجوی برای تقویت روحیه در میان نیروها تصمیم به بر گرداندن نوجوانانی كرد كه در كودكی در 1991 به بهانه خطرات ناشی از جنگ اشغال كویت علیرغم مخالفت خانواده هایشان به اروپا و كانادا فرستاه شدند.

هیچ كدام از این كودكان مراحل قانونی مهاجرت فرزند خواندگی را طی نكردند زیرا اکثر آنان با مدارك جعلی وارد این كشورها شده‌اند.

اما سازمان با سوءاستفاده از عدم سختگیری ماموران فرودگاه‌ها بر رفت و آمد كودكان، این کار را صورت داده بود.

تحلیل رجوی این بود كه كودكان مانعی درراه رهائی فكری وابستگان سازمان هستند و با دور كردن بچه ها، ‌انرژی بیشتری برای براندازی نظام ایران آزاد خواهد شد!

طرح بازگرداندن این نوجوانان به اشرف در سال 1997 كه تبدیل به ماشین‌هایی شده بودند که استقلال فكری نداشتند،‌ خیانتی دیگر در حق همین کودکان بود زیرا بسیاری از این نوجوانان پدران یا مادرانشان یا هردو را در عملیات‌های سازمان از دست داده بودند و البته این بازگشت نیز به هیچ عنوان به معنای بازگشت به آغوش خانواده نبود.

از آنجا که تاخیر در اعزام این نوجوانان باعث می‌شد كه آنان به سن قانونی برسند و در آن صورت امكان بردن این افراد برای همیشه از بین می‌رفت، اکثر این نوجوانان قبل از اینکه تبعه آن کشوری که در آن ساکن بودند بشوند، توسط سازمان به عراق برگردانده شدند. این اقدام باعث شد که برگشت آنان به ان کشور بدلیل اسم غیر واقعی ثبت شده در مورد مدارک مهاجرت و نیز عدم تابعیت آن کشور دچار اشكال جدی شود.

این کودکان که در حدود 900 نفر بودند قربانی امیال سرکردگان تروریست گروهک منافقین شدند و عمر و زندگی خود را در این را از دست دادند.

مصطفی (معروف به محمد) رجوی که فرزند مشترك مسعود و اشرف ربیعی می باشد، یکی از همین افراد است. به گفته اعضای جدا شده سازمان، مصطفی که اکنون بیش از 30 سال سن دارد و با افکار سیاست‌های پدرش به شدت اختلاف دارد، می‌گوید: «من بدبخت ترین بچه دنیا هستم. وقتی که نوزاد بودم مادرم در خانه تیمی در تهران کشته شد، بعد از آن با پدربزرگم بودم که توسط تشکیلات به فرانسه برده شدم. در آنجا روزها با 4 تا محافظ به مدرسه می رفتم و عصر ها هم معلم خصوصی داشتم. حق نداشتم با بقیه بچه‌ها بازی کنم و بعد هم که به اینجا (عراق) آورده شده‌ام».

مصطفی رجوی مایل نیست كه در عراق باشد ولی از آنجا كه با سیاست‌های پدرش مخالف است برا ی عدم افشای روابط داخلی اجازه خروج از عراق را به وی نمی دهند، وی بارها اشاره كرده است كه «مسعود» دجال‌ترین فرد در دنیاست.

وی در زمانی که در اشرف نگه داشته می‌شد یک بار با چند نفر از اطرافیانش با یک کامیون اقدام به فرار کرده و سعی داشت از سیم‌خاردارها و سیاج اشرف عبور کند که دستگیر شد.

وی در بهار سال 2003 به همراه چند نفر دیگر با تهیه مقداری دلار و تهیه نقشه عراق اقدام به فرار می کنند که لو می روند، آنها در اوایل شب بعد از شام بایك آیفا به یك قسمت از سیم خاردار اشرف می زنند و هنگام پرش از سقف كامیون ، توسط ماموران مراقبت مصطفی دستگیر میشوند. ماموران یك سیلی به گوش مصطفی می زنند و به وی فحاشی میكنند. چند همراه دیگرنیز دستگیر و به اتاق اطلاعات برده می شوند و در انجا مورد توهین و ضرب و شتم قرار می گیرند و بعدا به انفرادی برده میشود.