در جریان این انتخابات تعدادی از نمایندگان در جایگاه هیئت رئیسه حضور یافتند که آرای اخذ شده از نمایندگان برای انتخاب اعضای هیئت رئیسه را شمارش کنند.
در جریان شمارش آرای انتخابات همچنین پیشنهادات کمیسیون‌های تخصصی مجلس برای الحاق چند بند به کلیه لایحه بودجه مطرح شد که در پیشنهاد کمیسیون امنیت ملی که تصویب آن نیاز به دو سوم آراء داشت، حجت‌الاسلام ابوترابی فرد نایب رئیس مجلس که ریاست صحن علنی را برعهده داشت، اعلام کرد که نظر افرادی که در جایگاه هیئت رئیسه حضور دارند و در حال شمارش آراء هستند، به صورت شفاهی اخذ شد و این آراء به تعداد رای‌های پیشنهاد کمیسیون امنیت ملی اضافه شد. بنابراین این پیشنهاد به تصویب رسید.
این شیوه رای‌گیری هیئت رئیسه مورد انتقاد چند تن از نمایندگان مجلس قرار گرفت و احمد توکلی نماینده مردم تهران با انتقاد شدید به این موضوع، خطاب به هیئت رئیسه گفت: این شیوه رای‌گیری درست نبود و تکرار آن هم غیرقانونی است.
وی ادامه داد: اقدام هیئت رئیسه مجلس برای این رای‌گیری خلاف آئین‌نامه داخلی مجلس است و نباید این کار انجام می‌شد.
حجت‌الاسلام ابوترابی فرد نیز در پاسخ به تذکر توکلی گفت: ما جمعی از دوستان را به جایگاه هیئت رئیسه دعوت کردیم تا آراء را شمارش کنند؛ انتقاد و تذکر نمایندگان مجلس را قبول دارم که این روال رای‌گیر متعارف نبود. بنابر این به روالی که متعارف بوده، رای‌گیری می‌کنیم.
در ادامه یونس اسدی نماینده مشکین‌شهر نیز در تذکری در این زمینه گفت: هیئت رئیسه مجلس سوگند خورده که از آئین‌نامه دفاع کند بنابر این حرکتی که رخ داد، برای مجلس قابل قبول نیست و این اقدام هیئت رئیسه خلاف ماده 18 آئین‌نامه است.
وی ادامه داد: گرچه موضوع آن پیشنهاد مهم بود و در سیاست خارجی ما تاثیر داشت، اما روال رای‌گیری و بی‌توجهی به ماده 18 آئین‌نامه دور از انصاف است.
حجت‌الاسلام ابوترابی فرد در این باره گفت: آقای توکلی پیشنهادی را مطرح کردند که هیئت رئیسه می‌تواند تعداد این افراد را از کل حضار در جلسه کم کند و در واقع آنها را از نصاب خارج کند که فکر می‌کنم این پیشنهاد خوبی است و با انجام این کار مشکلات فکری پیش نمی‌آید.
در ادامه این جلسه اسماعیل کوثری نماینده مردم تهران در تذکری خطاب به هیئت رئیسه مجلس گفت: تذکر من راجع به نام بردن برخی از کاندیداهای انتخابات ریاست جمهوری از سوی نمایندگان مجلس است، چرا که برخی از دوستان هنگام صحبت از تریبون مجلس نام کاندیدای خاص را به زبان می‌آورند.
وی ادامه داد: متاسفانه نام بردن از کاندیدای انتخابات توسط نمایندگان مجلس اقدام نادرستی است که هیئت رئیسه به خصوص رئیس مجلس هیچ عکس‌العملی در این زمینه نشان نمی‌دهند که باید هیئت رئیسه به این دوستان تذکر دهد تا این کار تکرار نشود.
ادین نماینده مجلس گفت: حق همه کاندیداهای دیگر است که نامشان در مجلس برده شود و این کار درستی نیست که برخی دوستان اسم یک کاندیدا را به زبان می‌آورند، چرا که بااین کار مجلس زیر سوال می‌رود. بنابر این هیئت رئیسه باید به این موضوع توجه کند.
کوثری در تذکر دیگری گفت: زمانی که برخی از نمایندگان دعوت می‌شوند تا آرا را شمارش کنند، تعدادی دیگری همراه آنها به جایگاه هیئت رئیسه می‌آیند. یعنی علاوه بر تعدادی که هیئت رئیسه از آنها دعوت کرده، 10 نفر دیگر پشت سر آنها به جایگاه می‌آیند که هیئت رئیسه باید نظارت داشته باشد و تاکید کند که این کار صورت نگیرد.
حجت‌الاسلام ابوترابی در تذکر کوثری گفت: تذکر نخست شما وارد است و از همه همکاران خواهش می‌کنم در سخنان و مطالبی که از تریبون مجلس بیان می‌کنند، نامی از نامزدهای انتخابات نبرند. چرا که این کار درشان مجلس و نمایندگان نیست.
وی ادامه داد: در مورد تذکر دوم باید بگویم هیئت رئیسه ناچار است از برخی نمایندگان برای شمارش آراء دعوت کند، بنابراین از دوستان دیگر می‌خواهم که این افراد را همراهی نکنند و فقط همان دوستان به جایگاه بیایند.
